Projekt Zooarheološke raziskave eneolitskih najdišč v Sloveniji Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2007 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: Z6-7175-0618
Projekt Multidisciplinarno raziskovanje kolišč na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. januar 2011 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: L6-0137
Projekt Razširitev enciklopedije naravne in kulturne dediščine na Slovenskem - DEDI II Trajanje projekta: 1. julij 2009–30. september 2010 Vodja projekta: dr. Daniel Vladušič Šifra: SM 4214
Projekt Arheološke in dendrokronološke raziskave na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2001–30. junij 2004 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: J6-3075
Projekt Zgodnje neagrarne naselbine kot prostor prenosa idej in znanja v srednjeveški Evropi Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2008 Vodja projekta: dr. Jiři Macháček
Projekt Računalniška arheološka podatkovna zbirka zgodnjesrednjeveških artefaktov Trajanje projekta: 1. maj 2006–30. april 2008 Vodja projekta: Prof. dddr. Andrej Pleterski
Projekt Standardi in menjalne vrednosti v evropskih prazgodovinskih družbah Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. december 2009 Vodja projekta: Estelle Gauthier (Laboratoire de Chrono-Ecologie, UMR CNRS 6565) Šifra: BI-FR/08-09-PROTEUS-011
Projekt Analiza grobišča Župna cerkev v Kranju (Slovenija) Trajanje projekta: 1. november 2022–30. junij 2025 Vodja projekta: Dr. Jernej Rihter Šifra: Z6-4608
Projekt Napredne digitalne metode v arheologiji Trajanje projekta: 1. januar 2023–31. december 2024 Vodja projekta: Dr. Benjamin Štular Šifra: BI-AT-23-24-014
Projekt Digitalna arheologija slovenske gradiščne pokrajine Trajanje projekta: 1. julij 2022–30. junij 2024 Vodja projekta: Dr. Benjamin Štular Šifra: BI-US/22-24-126