Projekt Multidisciplinarno raziskovanje kolišč na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. januar 2011 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: L6-0137
Projekt Razširitev enciklopedije naravne in kulturne dediščine na Slovenskem - DEDI II Trajanje projekta: 1. julij 2009–30. september 2010 Vodja projekta: dr. Daniel Vladušič Šifra: SM 4214
Projekt Arheološke in palinološke raziskave na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2004–30. junij 2007 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: J6-6348-0618-04
Projekt Arheološke in dendrokronološke raziskave na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2001–30. junij 2004 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: J6-3075
Projekt Zgodnje neagrarne naselbine kot prostor prenosa idej in znanja v srednjeveški Evropi Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2008 Vodja projekta: dr. Jiři Macháček
Projekt Računalniška arheološka podatkovna zbirka zgodnjesrednjeveških artefaktov Trajanje projekta: 1. maj 2006–30. april 2008 Vodja projekta: Prof. dddr. Andrej Pleterski
Projekt Standardi in menjalne vrednosti v evropskih prazgodovinskih družbah Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. december 2009 Vodja projekta: Estelle Gauthier (Laboratoire de Chrono-Ecologie, UMR CNRS 6565) Šifra: BI-FR/08-09-PROTEUS-011
Projekt Religiopolitika - Imperium Christianum in njegovi prebivalci (REPLICO) Trajanje projekta: 1. maj 2023–30. april 2026 Šifra: N6-0317
Projekt Vloga Navporta v procesih romanizacije vzhodnoalpskega prostora Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Vodja projekta: dr. Marjeta Šašel Kos Šifra: J6-0107-0618-08
Projekt Kulturna dediščina Krvavca – priprava turističnega produkta in njegovega vodenja Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2009 Vodja projekta: Prof. dddr. Andrej Pleterski Šifra: L6-9233-0618-06