Projekt Za svobodo domovine. Fronta v Julijcih 1915-1917 Trajanje projekta: 1. junij 2006–31. maj 2008 Vodja projekta: dr. Petra Svoljšak Šifra: M6-0158
Projekt Jurska in kredna radiolarijska stratigrafija Južnih Alp v severozahodni Sloveniji: časovna opredelitev dinamike sedimentacijskih bazenov na robu Neotetide Trajanje projekta: 1. julij 2011–30. junij 2014 Vodja projekta: Špela Goričan Šifra: J1-4198 (C)
Projekt Trajnostni razvoj varovanih območij - celostni pristop in aktivna vloga države Trajanje projekta: 1. oktober 2006–30. september 2008 Vodja projekta: Dušan Plut Šifra: V5-0298
Projekt Zgodovinski atlas slovenskih mest Trajanje projekta: 1. julij 2018–30. junij 2022 Šifra: J6-9358 (A)
Projekt Napredne digitalne metode v arheologiji Trajanje projekta: 1. januar 2023–31. december 2024 Vodja projekta: Dr. Benjamin Štular Šifra: BI-AT-23-24-014
Projekt Digitalna arheologija slovenske gradiščne pokrajine Trajanje projekta: 1. julij 2022–30. junij 2024 Vodja projekta: Dr. Benjamin Štular Šifra: BI-US/22-24-126
Projekt Prostorska in okoljska rekonstrukcija srednjeveške pokrajine: primer Hercegovine Trajanje projekta: 1. oktober 2022–30. september 2024 Šifra: N6-0284
Projekt Geološke, arheološke in palinološke raziskave dolgoročnih sprememb okolja Trajanje projekta: 1. januar 2025–31. december 2027 Vodja projekta: dr. Maja Andrič Šifra: J7-60115