Projekt Zgodovinski atlas slovenskih mest Trajanje projekta: 1. julij 2018–30. junij 2022 Šifra: J6-9358 (A)
Projekt Prostorska in okoljska rekonstrukcija srednjeveške pokrajine: primer Hercegovine Trajanje projekta: 1. oktober 2022–30. september 2024 Šifra: N6-0284
Projekt Vloga Navporta v procesih romanizacije vzhodnoalpskega prostora Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Vodja projekta: dr. Marjeta Šašel Kos Šifra: J6-0107-0618-08
Projekt Kulturna dediščina Krvavca – priprava turističnega produkta in njegovega vodenja Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2009 Vodja projekta: Prof. dddr. Andrej Pleterski Šifra: L6-9233-0618-06
Projekt Multidisciplinarno raziskovanje kolišč na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. januar 2011 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: L6-0137
Projekt Jurska in kredna radiolarijska stratigrafija Južnih Alp v severozahodni Sloveniji: časovna opredelitev dinamike sedimentacijskih bazenov na robu Neotetide Trajanje projekta: 1. julij 2011–30. junij 2014 Vodja projekta: Špela Goričan Šifra: J1-4198 (C)
Projekt Arheološke in palinološke raziskave na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2004–30. junij 2007 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: J6-6348-0618-04
Projekt Arheološke in dendrokronološke raziskave na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2001–30. junij 2004 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: J6-3075
Projekt Standardi in menjalne vrednosti v evropskih prazgodovinskih družbah Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. december 2009 Vodja projekta: Estelle Gauthier (Laboratoire de Chrono-Ecologie, UMR CNRS 6565) Šifra: BI-FR/08-09-PROTEUS-011
Projekt Zgodnje neagrarne naselbine kot prostor prenosa idej in znanja v srednjeveški Evropi Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2008 Vodja projekta: dr. Jiři Macháček