Projekt Geološke, arheološke in palinološke raziskave dolgoročnih sprememb okolja Trajanje projekta: 1. januar 2025–31. december 2027 Vodja projekta: dr. Maja Andrič Šifra: J7-60115
Projekt Vloga Navporta v procesih romanizacije vzhodnoalpskega prostora Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Vodja projekta: dr. Marjeta Šašel Kos Šifra: J6-0107-0618-08
Projekt Kulturna dediščina Krvavca – priprava turističnega produkta in njegovega vodenja Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2009 Vodja projekta: Prof. dddr. Andrej Pleterski Šifra: L6-9233-0618-06
Projekt Multidisciplinarno raziskovanje kolišč na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. januar 2011 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: L6-0137
Projekt Trajnostni razvoj varovanih območij - celostni pristop in aktivna vloga države Trajanje projekta: 1. oktober 2006–30. september 2008 Vodja projekta: Dušan Plut Šifra: V5-0298
Projekt Za svobodo domovine. Fronta v Julijcih 1915-1917 Trajanje projekta: 1. junij 2006–31. maj 2008 Vodja projekta: dr. Petra Svoljšak Šifra: M6-0158
Projekt Arheološke in palinološke raziskave na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2004–30. junij 2007 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: J6-6348-0618-04
Projekt Arheološke in dendrokronološke raziskave na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2001–30. junij 2004 Vodja projekta: dr. Anton Velušček Šifra: J6-3075
Projekt Standardi in menjalne vrednosti v evropskih prazgodovinskih družbah Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. december 2009 Vodja projekta: Estelle Gauthier (Laboratoire de Chrono-Ecologie, UMR CNRS 6565) Šifra: BI-FR/08-09-PROTEUS-011
Projekt Zgodnje neagrarne naselbine kot prostor prenosa idej in znanja v srednjeveški Evropi Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2008 Vodja projekta: dr. Jiři Macháček